Majlis Sukan Sekolah-sekolah Persekutuan Tanah Melayu (Federation of Malaya) telah ditubuhkan pada tahun 1958 melalui satu mesyuarat yang dihadiri oleh Ketua Penasihat Pelajaran (Chief Education Advisor) Persekutuan Tanah Melayu, semua Ketua Pegawai Pelajaran Negeri (Chief Education Officer) dan wakil-wakil negeri. Mesyuarat kali pertama diadakan pada 3 Mac 1958 bertempat di Kementerian Pelajaran, Rumah Persekutuan Kuala Lumpur.
Dengan tertubuhnya negara Malaysia pada tahun 1963, nama Majlis Sukan Sekolah-sekolah Tanah Melayu telah diubah kepada ‘Majlis Sukan Sekolah Malaysia’ atau lebih dikenali sebagai MSSM bermula tahun 1968 dengan objektif utamanya untuk menganjur dan melaksanakan program pembangunan sukan sekolah-sekolah di Malaysia.
Bagi memperkasakannya, MSSM diletakkan di bawah Akta Pelajaran 1961 dan di bawah bidang kuasa Menteri Pelajaran. Tujuan asal penubuhan MSSM adalah untuk memberi tumpuan kepada kecemerlangan sukan sekolah. Pada tahun 1972, kemudahan infrastruktur dan tenaga pengajar telah dimajukan bersama Kementerian Kebudayaan, Belia dan Sukan.
Di peringkat awal, pengurusan MSSM ini ditadbir urus oleh sebuah urus setia yang terdiri daripada pegawai-pegawai Unit Pendidikan Jasmani dan Sukan, Bahagian Sekolah, Kementerian Pendidikan Malaysia. Bermula 1 Oktober 1995, Bahagian Sukan telah ditubuhkan untuk mengambil alih fungsi pembangunan, pengurusan dan pendidikan sukan yang melibatkan ‘Sukan untuk Semua’ (Sports for All) dan ‘Sukan untuk Kecemerlangan’ (Sports for Excellence) selaras dengan Dasar Sukan Negara. Urus setia MSSM turut bersama-sama Bahagian Sukan. Dengan tertubuhnya Bahagian Sukan terdapat dua buah agensi yang mengendalikan sukan di peringkat sekolah iaitu Bahagian Sukan sendiri dan MSSM.
Melalui penstrukturan baharu Kementerian Pelajaran Malaysia mulai 16 September 2003 hasil daripada satu Perjanjian Persefahaman (MoU) yang telah dimeterai antara Menteri Pelajaran dengan Menteri Belia dan Sukan, pelaksanaan pembangunan program sukan di sekolah-sekolah diletakkan di bawah bidang tugas Jabatan Pendidikan Jasmani dan Sukan (JPJS) yang diketuai oleh Timbalan Ketua Pengarah Pelajaran.
Penstrukturan semula yang berlaku di peringkat Kementerian Pelajaran Malaysia pada bulan Jun 2008 ini pula telah meletakkan Unit Kokurikulum di Bahagian Sekolah di bawah JPJS yang kemudiannya dikenali sebagai Bahagian Sukan, Seni dan Kokurikulum (BSSK).
Bermula 6 April 2009, MSSM telah disahkan penubuhannya oleh Penasihat Undang-undang KPM melalui Warta Kerajaan dengan mendapat perkenan daripada Seri Paduka Baginda Yang di-Pertuan Agong dan diterbitkan dengan kuasa mengikut Akta Pendidikan 1996, Peraturan-peraturan Pendidikan (Majlis Sukan Sekolah Malaysia). Sebanyak 22 jenis sukan disenaraikan ketika itu.
Pada tanggal 29 Julai 2010 pula, Kementerian Pelajaran Malaysia telah menstrukturkan semula BSSK kepada Bahagian Sukan (BS) dan Bahagian Kokurikulum dan Kesenian (BKK). Penjenamaan semula BSSK ini diwujudkan supaya BS dapat memberi fokus kepada pembangunan sukan di sekolah manakala BKK pula ditumpukan untuk memacu kecemerlangan kokurikulum dan seni. Sehingga kini, sebanyak 24 jenis sukan telah dipertandingkan di peringkat MSSM.
